Záverečná správa z projektu ENGAGE
Projekt ENGAGE (http://www.engage-europe.eu/) bol vypracovaný za spolupráce ôsmich inštitúcií v celej Európe. Cieľom bolo posilniť vedeckú spoluprácu v oblasti analýzy bezpečnosti potravín a ochrany verejného zdravia s použitím sekvenácie celého genómu (WGS). Projekt ENGAGE bol zameraný na Escherichia coli (komenzálne E. coli) a rôzne sérotypy Salmonella spp.. Bolo vyrobených celkovo 3 360 genómov, z čoho 778 bolo E. coli a 2582 Salmonella. Tieto genómy boli uložené a zdieľané medzi partnermi v dočasnom archíve, ktoré budú po ukončení projektu odovzdané Európskemu archívu nukleotidov. Generované genómy sa použili na porovnávacie testy s cieľom posúdiť možnosti nahradiť konvenčnú typizáciu s WGS v prípadoch vyšetrovania ohniska nákazy. Pre analyzované kmene porovnávacie testy ukázali, že zostava SPAdes fungovala lepšie ako Velvet a že pomocou rôznych bioinformatických nástrojov, bola WGS sérotypizácia Salmonella a detekcia génov mikrobiálnej rezistencie do značnej miery v súlade s fenotypovými údajmi. Nesúlady súviseli skôr s kvalitou sekvencie a nesprávnym zaradením fenotypu, než s obmedzeniami nástrojov bioinformatiky. Všetci partneri boli schopní odvodiť očakávanú fylogenézu pre izoláty Salmonella a Campylobacter v porovnávacích testoch. Dve porovnávacie testy WGS (posudzujúce rôzne markery genómovej kvality) sa uskutočnili medzi partnermi s uspokojivými výsledkami. Usmernenia vrátane dostupných nástrojov bioinformatiky a štandardných pracovných postupov boli pripravené a zverejnené online. Boli vykonané workshopy, školenia a twinningové programy. Projekt celkovo dokázal, že laboratóriá bez predchádzajúcej skúsenosti s WGS potrebujú čas na vykonanie a vykonávanie rutinnej analýzy WGS pre potravinové patogény. Všetky vypracované materiály zostanú dostupné na webových stránkach projektu ENGAGE.
Celú správu nájdete na webovom sídle EFSA: https://efsa.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.2903/sp.efsa.2018.EN-1431
