Vývoj a použitie štatistických metód pre analýzu fenoménu mnohonásobnej liekovej rezistencie v EÚ
Úrad EFSA vydal Vedecké stanovisko EFSA Panelu BIOHAZ „Vývoj a použitie štatistických metód pre analýzu fenoménu mnohonásobnej liekovej rezistencie v EÚ: demonštrácia analytických postupov používajúcich izolované základné dáta mikrobiálnej rezistencie “. Európsky úrad pre bezpečnosť hovorí, že mikrobiálna rezistencia je jedným z hlavných záťaží verejného zdravia v posledných desiatich rokoch, je to veľmi dôležité, aby sa zodpovedajúcim spôsobom sledovali a analyzovali dáta AMR. Izolované základné dáta sa v rámci EÚ bežne zbierajú od roku 2010 a oznamujú EFSA na ročnom základe. AMR dáta sú zhromažďované pre niekoľko bakteriálnych druhov, testované na citlivosť voči rôznym antimikrobiálnym látkam a nahlasujú sa hodnoty minimálnej inhibičnej koncentrácie MIC. Pre účely analýzy sa používajú MIC dáta v dichotomickej verzii, založené na epidemiologickom prelome, aby reprezentovali rôzne vzorce rezistencie.
Táto správa popisuje rôzne metódy pre analýzu dát mnohonásobnej liekovej rezistencie, vrátane určenia štruktúry na zostavenie skupiny izolátov s podobnými rezistentnými modelmi alebo s podobnými hodnotami MIC. Mnohorozmerné klasifikačné stromy a hierarchické zoskupenie analýz po použití hlavných komponentov a viacnásobných korešpondenčných analýz sú cielene aplikované na objavované skupiny.
Latentná tredová analýza je prezentovaná ako alternatívny prístup modelovania. Zovšeobecnená porovnávacia metóda odhadovania je prezentovaná ako metóda pracujúca s jednorozmernými a viacrozmernými binárnymi výsledkami. Bayesian sieťová analýza poskytuje užívateľovi grafické zobrazenie asociácií vyplývajúcich z údajov, čo slúži na identifikáciu nových ko-rezistenčných modelov.
Modely, ktoré sa zaoberajú priestorovým rozložením rezistentných izolátov, v kombinácii s ich vývojom v čase, sú konštruované pre jednorozmerné a dvojrozmerné výsledky. Napokon je v správe predstavený vzorec a zdroj priradených atribučných nástrojov, čo na dôvažok k exploračnej analýze poskytuje logistický model, ktorý stanovuje premenné ovplyvňujúce určité vzorce rezistencie.
Priradenie zdroja sa používa k priraďovaniu prípadov rezistenie u ľudí k rezistencii pozorovanej na zvieratách, k humánnym spotrebiteľským vzorcom a údajom o spotrebe antibiotík. Pre ilustráciu sú tieto metódy aplikované na podmnožinu dát AMR pomocou aplikácie, vyvinutej v edícii R package"shiny".
Viac informácií nájdete na webovom sídle EFSA na adrese: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.2903/sp.efsa.2016.EN-1084/abstract